三忍大蛇丸的技能主要包括以下幾種：
蛇行（蛇形）。變身蛇形向前衝刺，命中敵人後會追蹤敵人的位置從地底衝出。在大蛇丸落地時按住普攻鍵可以在地底潛行一段時間後衝出。長按技能鍵可以向前吐出大量蛇群攻擊敵人。
潛影蛇手。從手中伸出巨蛇向前抓取。抓取成功時，將敵人拉回身前，追加一記鞭擊。長按技能鍵大蛇丸會從蛇嘴衝出。
木葉三忍大連擊。召喚出自來也、綱手，讓對手見識傳說中三忍的實力。奧義總體分為4段，綱手使用怪力砸擊地面將敵人擊退，大蛇丸使出蛇陣將敵人禁錮在原地並造成傷害，自來也使用火遁形成火龍捲，最後木葉三忍一起進行一次體術攻擊。
這些技能使得三忍大蛇丸成為一個具有強大攻擊力和控場能力的忍者。