上海九院位於上海市黃浦區製造局路639號，這一地址指的是醫院的南部院區或總院。此外，醫院還有北部院區位於寶山區漠河路280號。九院是一個多院區的綜合醫院，除了南北兩個主要院區，還在浦東新區和徐匯區設有分院和門診部。