《主君的太陽》的大結局是溫馨而幸福的。男主角朱中元在劇中並沒有死亡，他在被刺傷後最終被救活。這次經歷讓他克服了對讀書的恐懼，並且真正相信了太恭實能看見鬼魂的事實。朱中元和太恭實在第11集坦誠相見，沒有了秘密，並且最終幸福地在一起。
在劇情發展中，朱中元和太恭實的感情經歷了重重考驗，包括太陽昏迷三年期間靈魂遊蕩在另一個男人身邊，以及太陽被附身等一系列坎坷。但最終，太陽告訴朱中元自己已經看不到鬼了，兩人一起享受著幸福的時光。
此外，劇中的其他角色也有了各自的結局。車喜珠的真實身份被揭露，她因綁架敲詐而被警察抓捕，而她所綁架的朱中元和漢娜的愛情故事也得到了澄清。最終，朱中元和太恭實成為了彼此的依靠，展現了愛情的力量。