九寨溝的特色故事有很多，其中最廣為流傳的是寶鏡仙女傳說。
相傳很久以前，一位叫貢嘎的藏族英雄，在一次對敵戰鬥中，受了重傷，昏迷在荒山野谷。他夢見一位美如天仙的姑娘，手持一面明鏡，把他的傷口化作一朵五彩花，並用鏡子照向敵軍，使敵人陷入一片迷漫的濃霧之中。英雄甦醒後，四處尋找救命恩人，終於在山溝盡頭，找到了她——一位美麗善良的藏族姑娘。姑娘不僅為貢嘎獻出了美貌和愛情，還把家產捐獻給了鄉親們，建立了嘉絨藏族的第一個寺院。她自己卻陷入了深深的痛苦之中，最終不情願地變成了山溝中的九座雪峰。她手中的寶鏡一分為四，流淌成四水，形成九寨溝的主源河——樹正群海。人們為了紀念這位仙女，便把她所隱身的山溝叫做“九寨溝”。
這只是九寨溝傳說之一，還有許多故事與傳說與其名勝古蹟相關，如犀牛洞、樹正群海、諾日朗瀑布等等。這些故事傳說賦予了九寨溝豐富的文化內涵和民俗風情，也使其成為了中國的一大旅遊勝地。