雲南的土司家族主要包括：
麗江木氏土司。納西族的木氏土司，是雲南傳世最久的土司家族。他們通過三次重要的審時度勢，不僅避免了元、明、清三朝的殘酷流血鬥爭，還保持了家族的繁榮。木氏土司在明朝達到了鼎盛時期。
彝族左氏土司。彝族左氏土司，承襲了18世，統治了巍山長達500餘年，是雲南承襲土司職位時間最長的土府之一。左氏土司與納西族木氏土司和傣族那氏土司並稱爲“雲南三大土知府”。
武定（羅婺）鳳氏土司。武定鳳氏土司是雲南重要的土司家族之一，對雲南的歷史發展產生了重要影響。
此外，雲南的土司家族還有董氏、楊氏、王氏、馬氏、李氏、趙氏、段氏、寇氏、邵氏、王氏、秦氏、儂氏等。這些家族在雲南各地擔任土司職務，對當地的社會和政治發展有着重要的影響。