互動作用的分析方法主要取決於研究的目的和數據的特性。常見的分析方法包括：
析因設計。適用於多個因素之間的互動作用分析，通過同時改變多個因素的水平來研究它們對結果變數的影響。
正交設計。適用於多因素最佳化問題，通過正交表安排實驗，可以高效地找出最優組合。
均勻設計。適用於多因素實驗，但因素水平不多時使用，目的是在實驗範圍內均勻取樣，以減少實驗次數。
雙因素方差分析。當兩個因素對結果變數有影響時，可以使用雙因素方差分析來研究這兩個因素之間是否存在互動作用。
回歸分析。通過建立回歸模型，可以研究兩個或多個變數之間的關係，從而分析互動作用。
互動項設定。在統計分析中，可以通過設定互動項來明確研究兩個因素之間是否存在互動作用。
此外，互動作用的分析還可以根據互動作用級別和因素多少進行分類，如一級互動作用（兩因素之間的互動作用）和二級互動作用（三因素之間的互動作用）。效應結果/方向分類包括正互動作用（協同互動作用）和負互動作用（拮抗互動作用）。