五碳化合物在生物學和化學領域有著不同的含義和套用。
在生物學領域，五碳化合物主要指的是1,5-二磷酸核酮糖，簡稱RuBP。它是碳三植物光合作用暗反應階段的反應物之一。在暗反應階段中，綠葉從外界吸收來的二氧化碳，不能直接被氫[H]還原。它必須首先與RuBP結合，這個過程叫做二氧化碳的固定。一個二氧化碳分子被一個RuBP分子固定以後，很快形成兩個含有三個碳原子的化合物，簡稱三碳化合物。
在化學領域，五碳烴是指含有五個碳原子的碳氫化合物的總稱。常溫下為易揮發的液體，主要存在於輕油和裂解汽油中。裂解汽油所含的主要由環戊二烯、異戊二烯和間戊二烯組成，並含有少量環戊烯和戊烯，總稱「裂解碳五」。是有機合成的重要原料。