電影《阿凡達》的劇情發生在2154年，故事圍繞人類對潘多拉星球的殖民和開採展開。
主角傑克是一名雙腿殘疾的前海軍陸戰隊員，傑克通過基因工程學製造出的阿凡達，沒有意識，必須依靠人類通過特殊儀器實現精神互換。傑克成為阿凡達的第二個主人，他的任務是打入納美人內部，勸說他們搬家離開這裡。傑克在潘多拉星球的叢林中和納美人小美相遇，小美發現傑克特別受他們信奉的神樹的種子青睞，覺得對方是被神樹選召的男人，部落里的人並沒有排斥傑克。之後的日子裡，傑克全程參與了納美人的生活，學會了騎馬、打獵等多項技能，並且還獲得了馴服神鳥的機會。然而，人類的機器開始朝著納美人的部落進發，傑克先是打壞機器的探照裝置，然後斷開連結詢問人類指揮官原因。原來潘多拉星球最豐富的礦產就在神樹下面，而納美人是不可能放棄賴以生存的神樹的，所以大戰不可避免。傑克讓他們暫停進攻，自己再去勸說一遍納美人。這一次，他將人類即將攻打這裡的訊息告訴了納美人，並且說明了自己的身份，納美人感覺良心受到了欺騙。人類和納美人的戰鬥開始了。靠著高科技的武器，納美人完全沒有還手的餘地。傑克再次控制了阿凡達，他第一時間就是去服巨型神鳥，然後王者降臨，小美說的沒錯，傑克成為了英雄。這一次，傑克要帶領著納美人，雙方再次開戰，陸地空中雙線作戰。不過納美人依舊不是手持重型武器的人類的對手，這時，潘多拉星球上，所有的物種都開始反抗侵略者。