交叉索引在審計工作底稿中作爲一種索引方式，類似於書本目錄的功能。它可以幫助審計人員快速找到特定程序和審計證據的存放位置。例如，在銷售收入的交叉索引頁中，會明確指出審計人員實施了哪些程序，以及審計證據的相關位置。審計底稿中通常會有索引號，類似於頁碼，通過這些索引號，可以迅速找到與特定事項相關的底稿內容。
此外，交叉索引作爲動詞時，指的是將相關聯的科目發生額或餘額進行對比，以確認這些數據的正確性。例如，在工業企業中，爲了確認損益表中費用的發生額，需要關聯到資產負債表中“應付工資”的數據，通過比較“銷售費用-工資”、“管理費用-工資”、“基本生產成本-工資”、“輔助生產成本-工資”、“應付福利費-福利人員工資”等賬戶的借方發生額和“應付工資”的貸方發生額，來確認工資計提是否一致。