交叉設計（Cross-over Design）是一種特殊的自身配對設計，廣泛套用於各種研究領域。以下是詳細介紹：
在交叉設計中，研究對象（如實驗動物或人類受試者）按照事先設定的試驗次序，先後接受不同的處理或治療。例如，在一個有兩項處理（A和B）和兩個階段（Ⅰ和Ⅱ）的交叉設計中，試驗對象首先隨機接受處理A或處理B，然後在第二階段接受另一個處理，即第一階段接受處理A的對象在第二階段接受處理B，反之亦然。
這種設計的優點在於它能夠幫助消除個體差異對試驗結果的影響，同時節省研究樣本。交叉設計適用於那些症狀或體徵在病程中反覆出現且病程較長的疾病，如慢性病。但這種方法也有其局限性，例如難以確定洗脫期的適當時間，以及在兩個階段中試驗對象病情的輕重程度可能不一致，從而影響研究的可比性。
交叉設計還可以根據試驗因素的水平數和時期因素的水平數，分為不同的類型，如二階段交叉設計和三階段交叉設計。此外，還有單個體型交叉設計和多個體型交叉設計，後者不能節省樣本含量。