差異基因（differential gene）是指在不同的環境壓力、時間、空間等條件下，基因在RNA水平上的表達存在顯著性差異的基因。這種差異可能由多種因素引起，包括但不限於：
生物學差異：如不同組織、發育階段或生物個體之間的基因表達水平差異。
環境因素：如溫度、養分、毒物暴露等環境條件變化導致的基因表達差異。
疾病狀態：健康與疾病狀態下基因表達水平的不同。
遺傳變異：如單核苷酸多態性（SNPs）和基因組結構變異等遺傳變異影響基因表達。
差異基因分析（Differential Expression Analysis, DEG）是通過比較不同處理條件下的基因表達數據與對照組，篩選出具有顯著表達變化的基因集。這種分析可以幫助我們理解特定生物學過程、生物多樣性以及疾病的發生和發展機制。例如，在藥物研究和轉化醫學中，差異基因分析有助於確定藥物靶標和個體化的最佳治療方法。
要檢測差異基因，通常需要進行高通量基因表達分析，如RNA測序，這種技術可以測量樣本中每個基因的表達水平，然後比較不同條件下的表達數據。統計分析用於確定哪些基因在不同條件下的表達存在顯著差異。
總之，差異基因研究對於生物學、醫學和生態學等領域都具有廣泛的套用，可以幫助科學家深入了解基因調控的複雜性，以及不同條件下基因表達的重要變化。