賠償義務機關是指因行使國家偵查、檢察、審判、看守所及監獄管理職權時侵犯公民、法人和其他組織的合法權益造成損害，依法應當承擔國家賠償責任的機關或其工作人員。
賠償義務機關代表國家接受賠償請求，參與國家賠償程序，並支付相應的賠償費用。在行政賠償中，賠償義務機關通常是違法行使行政職權的行政機關本身；而在刑事賠償中，則是錯誤實施刑事司法行爲的司法機關自身。賠償義務機關的確定依據具體情況而定，例如共同行使職權的行政機關、被授權的組織、受委託的組織或個人等都可能成爲賠償義務機關。如果某個賠償義務機關被撤銷，繼續行使其職權的行政機關或撤銷該機關的行政機關將承擔賠償義務。