EM菌種是一種由多種微生物組成的混合菌體，它包括光合細菌、乳酸菌、酵母菌、革蘭氏陽性放線菌、發酵系的絲狀菌等五大類微生物中的10屬80種有益微生物。這些微生物共生共榮，形成了一箇有效的微生物羣，也被稱爲EM益生菌原液。EM菌種是由日本琉球大學比嘉照夫教授發明的，它是一種生物工程技術，廣泛應用於農地和水環境的改善，因其能夠產生協同效應，對自然界中的人和環境都友好。EM菌種不是單一的微生物，而是一箇微生物羣體，上世紀90年代傳入國內後，不同的企業根據自己的需求制定了不同的發酵標準。市場上存在多種EM菌種，其中上海諾立的EM菌種是由6種微生物組合而成，並加入了一種土著菌。