《仙劍奇俠傳二》的故事發生在《仙劍奇俠傳》故事幾十年前，講述了李逍遙的祖先李清雲（李逍遙的爺爺）和女媧族後人的故事。故事中，主人公姚君逸（號雪見）和王小虎等人與李清雲一眾人一起保衛人神魔三界的和平，同時揭示了女媧族後人和神界的關係，以及女媧族後人和李逍遙母親的關係。
故事中，姚君逸等人還探索了神界和人界的種種秘密，包括神界內部的權力鬥爭、神界和魔界的勾心鬥角等。同時，他們還面臨了來自魔界的挑戰，最終通過團結和智慧戰勝了魔界，保衛了人神魔三界的和平。
此外，故事中還有豐富的感情線，包括姚君逸和王小虎等人的兄弟情、愛情和親情等。這些情感線在故事中起到了重要的推動作用，同時也展現了人性的美好和複雜。