《仙劍奇俠傳四》講述了主角雲天河的成長與冒險故事。雲天河自幼父母雙亡，生活在青鸞峯上，性格率真且對世界充滿好奇。故事開始於雲天河在父親墓室遇見少女韓菱紗，兩人結下不解之緣，並決定一起下山探查雲天河的身世。在旅途中，他們遇到了另一位女主角柳夢璃，並一同拜入崑崙瓊華派成爲門下弟子。
瓊華派由夙瑤掌管，夙瑤的真實目的是利用門派中的男女弟子修煉三寒器以飛昇成仙。雲天河和韓菱紗、柳夢璃在修仙過程中逐漸發現夙瑤的陰謀，並決定阻止瓊華派的飛昇。在這個過程中，他們結識了慕容紫英，一箇正直的瓊華派弟子，併成爲了好朋友。
雲天河和朋友們在尋找三寒器的過程中，經歷了許多困難和挑戰，包括妖界的陰謀、人妖之間的衝突等。他們最終成功阻止了夙瑤的陰謀，挽救了蒼生，但云天河也因此失去了視力。故事的結局展現了雲天河、韓菱紗和柳夢璃的成長與犧牲，以及他們對於友情、愛情和命運的理解。