佛手瓜的保存方法主要包括以下幾點：
採收時機：選擇表皮角質化、有肉瘤狀突起的老瓜，在霜前採收，因為霜後的瓜不宜貯藏。
貯藏條件：佛手瓜適宜的貯藏條件為溫度10攝氏度，相對濕度80%至90%。在適宜的溫度下，佛手瓜可以貯藏到第二年四月，且很少發霉，風味基本不變。
家庭保存：普通家庭可以將佛手瓜放在冰櫃冷藏室中保存，避免放入冷凍室以防凍傷。未切開的佛手瓜在常溫下保質期約一個星期，而在低溫地區可多保存3～4天。已切開的佛手瓜套用保鮮袋包裹後放入冰櫃冷藏，最多放置2～4天。
選擇與處理：選擇單果重0.25至0.5千克、無傷、形正的佛手瓜。採收後置於室溫下，天氣變冷時移到10攝氏度左右的場所貯存。在貯藏期內，如長出胚芽要及時摘去。
保存時間：只要保存得當，佛手瓜的保存時間可達5個月左右。
在產區，農戶一般將佛手瓜貯藏在瓦缸或地窖里。對於已經損傷的佛手瓜，由於其難以保存，應優先選擇完好無損的瓜進行保存。