倉鼠拉稀可能由多種原因引起，包括著涼、食物問題、消化不良、腸胃敏感、寄生蟲感染、腸胃菌群紊亂、真菌或細菌感染等。不同的原因需要不同的治療方法：
由於食物問題、消化不良或著涼引起的拉稀。可以給倉鼠服用諾氟沙星膠囊，按照一定比例稀釋後餵食，每天一次，嚴重情況可增加至每天兩次。同時，可以在餵藥後2~4小時內補充益生菌粉劑，以幫助恢復腸胃菌群平衡。
由於服用消炎藥導致的腸胃菌群紊亂。治療方法與上述類似，也是使用諾氟沙星膠囊和益生菌。
由於真菌或寄生蟲感染引起的拉稀。大便可能呈綠色並有泡沫或啫嚾狀的黏膜。這種情況需要進行便檢以確定具體病因，並根據便檢結果使用相應的藥物，如甲硝唑（滴蟲）或百球清（殺原蟲及蟲卵）。
由於腸黏膜受損或腸炎引起的拉稀。大便表面可能附著一層透明粘液、黏膜或血。這種情況也需要根據便檢結果處方用藥，如諾氟沙星或慶大黴素。
由於酵母菌超標引起的脹氣。治療方法需要避免使用對腎臟損傷較大的藥物，並同時服用適合倉鼠用的益生菌。
此外，在倉鼠拉稀時，不建議只餵葡萄糖，而應強制餵服流質食物，如艾茉芮雜食加護營養粉。同時，應注意保暖，並在2~3小時內至少餵食1ml。不建議使用人類用的益生菌或發酵型益生菌（如布拉迪酵母菌），這些可能不適合倉鼠。在治療期間，應停食半天或一天，待體內食物消化後再餵食新鮮食物，建議清淡飲食。