在《光影帝國》中，存在兩條主要的副線故事。
首先是關於艾登和莎拉的故事。艾登是一名退役軍人，他因為一場戰鬥失去了右臂，後來被“光影帝國”組織招募成為其特工。這個副線描繪了艾登如何在戰鬥和挫折中尋找自我，同時也展現了他和同伴們在戰鬥中所經歷的危險和困境。
另一個副線故事則是圍繞西爾維婭展開的。這個故事主要描述了她作為暗影軍團的戰士所面臨的內心掙扎和成長。這條故事線展示了她從一個猶豫不決的少女成長為一個強大的戰士，以及她如何在道德和責任之間做出選擇。
這兩條副線故事都為《光影帝國》增添了更多的深度和複雜性，使得這部作品不僅僅是一部簡單的動作冒險遊戲，更是一部深入人心的作品。