全球的珊瑚礁主要分布在南北緯30度之間的熱帶和亞熱帶海域，這些區域通常以20度的等溫線為分界。珊瑚礁的分布以赤道為中心，隨著緯度的增加而逐漸減少。世界上最大的珊瑚礁是澳大利亞的大堡礁，它縱貫於澳大利亞東北昆士蘭州外的珊瑚海，北從托雷斯海峽，南到南回歸線以南，綿延伸展共有2600公里左右。此外，新喀里多尼亞的大堡礁和馬爾地夫環礁群也是著名的珊瑚礁。
珊瑚礁的生存對溫度的要求比較高，因此主要集中在溫暖且清淨的海域。全球的造礁珊瑚分布可分為兩個生物地理區系：印度－太平洋區系、大西洋－加勒比海區系。印度－太平洋區系大約有700種造礁珊瑚，而大西洋－加勒比海區系總共約只有60種。
中國的珊瑚礁分布主要在西南中沙、海南島、雷州島、廣東沿岸和台灣海峽。其中，香港的珊瑚礁主要分布在東邊和東北邊，最多的應該在東平洲一帶。