分趾鞋的起源可以追溯到15世紀的日本。
當時，日本從中國進口了棉花，使得大規模生產襪子成為可能。為了配合日本人日常穿著的木屐，襪子被設計成了分趾的形狀，這種襪子被稱為足袋（たび），英文稱為Tabi。這種設計最初是上流社會的專屬單品，因為棉花在日本國內供應相當有限。隨著大批棉花從中國進口，這種襪子開始大規模生產。
隨著時間的發展，分趾鞋的設計也發生了變化。例如，由於耐磨橡膠底的出現，傳統的足袋（Tabi）進化成了更加輕便耐穿的Jika-Tabi，即加上橡膠大底的足袋。這種鞋型在1951年的波士頓馬拉松賽上，由日本跑步選手田中茂規穿著分趾跑鞋參賽並獲獎，使得這種日式傳統鞋型在全球範圍內受到關注。
設計師Martin Margiela在1988年的秀場上展示了分趾靴，這種鞋款設計開始在時尚界流行起來，並逐漸出現了更多不同的款式。分趾鞋的設計也逐漸從傳統的足袋和Jika-Tabi演變成了現代的各種形式，如分趾跑鞋、分趾芭蕾舞鞋、分趾樂福鞋等。