刺客信條奧德賽的故事主要圍繞主角戴斯蒙德·邁爾斯和刺客兄弟會展開。故事背景是現代刺客和聖殿騎士的衝突，以及戴斯蒙德被選為傳說中的救世主的經歷。
戴斯蒙德是一個年輕的刺客，他因為自己的信仰和正義感而被捲入了兄弟會的衝突中。在一次與聖殿騎士的戰鬥中，他被迫目擊到一個極其重要的任務：刺殺女神阿波羅的雕像，以此尋求改變歷史的道路。他試圖尋找自己的道路，但是隨著他了解到了更多的真相，他發現自己是傳說中的救世主，即只有他才能阻止歷史的終結，並最終改變刺客和聖殿雙方的命運。
這個故事講述了一位年輕刺客的成長和轉變，揭示了現代刺客和聖殿騎士之間的複雜關係，以及歷史的進程對現代社會的影響。這個故事既充滿了緊張刺激的戰鬥場面，也充滿了對人性、信仰和命運的深刻思考。