打磨千眼菩提子的步驟如下：
準備工具和材料。準備一小盆清水，耐水砂紙（100目、240目、800目、1200目、2000目），以及要打磨的千眼菩提子。
去皮。先用100目砂紙打磨去皮。
打磨至花紋略顯。使用240目砂紙打磨至花紋略顯。
使花紋清晰。換用800目砂紙打磨，使花紋清晰。
表面光滑。再用1200目砂紙打磨，使表面光滑。
極致拋光。最後使用2000目砂紙進行極致拋光。
打磨千眼菩提子的注意事項如下：
打磨拋光時最好避免沾水。在以後的盤玩中也最好不沾水。
千眼菩提子是水生植物，喜歡水。不要長期離開水，容易斷裂。偶爾泡在水裡也是一種保養方法。
避免出入溫差過大的場合，過大的溫差產生熱脹冷縮，會破壞菩提子自身的結構。
盤玩千眼菩提子時，應該注意保養。如果能做到精心保養，經過長時間的持用，千眼菩提子的顏色會由淺變深，表面也會越來越有光澤。