南京二日游自由行攻略如下：
第一天：
夫子廟秦淮河風光帶：上午遊覽南京的標誌性景點——夫子廟，體驗古代學府的莊重氛圍。
秦淮河遊船：在夫子廟秦淮河風光帶乘坐遊船，欣賞秦淮河的美景和江南水鄉的風情。
老門東：下午前往老門東，品嘗南京特色小吃，如鴨血冬粉湯、板鴨等，感受南京的美食文化。
中華門：遊覽中華門，又稱瓮城，明朝南京城門之一，具有極高的歷史價值和建築價值。
瞻園：晚上參觀瞻園，欣賞夜景，感受古典園林的優雅氛圍。
第二天：
中山陵：上午前往中山陵，參觀民族英雄孫中山先生的陵墓，領略莊嚴神聖的氣氛。
紫金山：遊覽紫金山，欣賞南京市區內的美麗自然風光。紫金山上有明孝陵、靈谷寺等景點。
玄武湖公園：下午遊覽玄武湖公園，欣賞湖光山色，感受城市綠地的寧靜與美麗。
南京博物院：參觀南京博物院，了解南京歷史文化，觀賞各類珍貴文物。
市區閒逛：在市區內閒逛，可以領略南京的現代化風貌，同時欣賞到城市的文化底蘊。
以上行程可以根據個人興趣和時間靈活調整。南京是一座歷史悠久的城市，除了上述景點外，還有如侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館、雞鳴寺、南京城牆北線景區等多個值得一游的地方。在規劃行程時，建議提前了解景點的開放時間和門票預約情況，以及當地的交通方式和路線。此外，南京的美食也是不可錯過的體驗，如鴨血冬粉湯、鹽水鴨等。