南京二日游自助游攻略如下：
第一天：
鐘山風景區：包括中山陵、美齡宮、明孝陵、音樂台和靈谷景區。中山陵免費但需預約，明孝陵和美齡宮需購票。
太平天國歷史陳列館：門票30元，可以了解太平天國歷史。
中華門：南京明城牆十三座明代京城城門之一，旁邊是南京城牆博物館。
大報恩寺：中國歷史上最為悠久的佛教寺廟之一。
老門東：南京傳統民居聚集地，有許多小吃，如朱記小鄭酥燒餅、藍老大糖粥藕、桂花糕。
第二天：
橋北濱江生態公園：看日出，享受寧靜的江邊風光。
鼓樓公園：始建於明代，有600年歷史。
玄武湖：中國古代最大的皇家湖泊園林，有1500多年歷史。
雞鳴寺：南朝四百八十寺之首，有1700年歷史。
總統府：孫中山就職的地方，既有古代傳統的江南園林，也有近代的遺留建築。
以上行程可以根據個人興趣和時間進行適當調整。南京的美食也是不可錯過的體驗，如南京鴨血冬粉和鹽水鴨等。在遊覽過程中，可以根據實際情況選擇乘坐公交或捷運，以便快捷地前往各個景點。