南京二日游自由行攻略如下：
第一天。上午，抵達南京後首游中山陵，中國近代偉大的民主革命先行者孫中山先生的陵墓，也是中國現代建築的代表之一。午餐品嘗南京特色小吃鴨血冬粉湯和鹽水鴨。下午遊覽南京博物院，中國最大的博物館之一，晚餐品嘗南京特色菜獅子頭。晚上遊覽夫子廟秦淮河風光帶，南京最具代表性的夜景之一。住宿建議選擇市中心周邊，交通便利。
第二天。上午遊覽南京明城牆和明孝陵，午餐品嘗南京特色小吃小籠包和生煎包。下午遊覽南京總統府和南京1912街區，晚餐品嘗南京特色菜烤鴨和燉鵝。晚上參觀南京長江大橋。
此外，南京還有許多其他值得一游的景點，如玄武湖、雞鳴寺、南京大屠殺紀念館等。在南京旅遊時，請注意景點的預約情況，大多數景點需要提前預約，尤其是在旅遊高峰期。同時，注意南京捷運內禁止飲食，違反者可能會受到罰款。在酒店住宿方面，可以選擇新街口地區、夫子廟秦淮河區域或鼓樓、玄武湖周邊地區，這些地方交通便利，且靠近多個主要景點。在美食方面，不妨嘗試哎抖豬蹄、張氏生煎、鴻福麵館等當地著名小吃。