南京最大的物流公司包括以下幾家：
江蘇金陵交運集團有限公司：始建於1949年，已成為一個貨運物流、客運旅遊、商貿物業、駕駛培訓、職業技術教育、科創文創產業園等多元化協同發展的綜合型交通企業集團。江蘇金陵交運集團作為國家道路運輸貨運一級資質企業、國家AAAAA物流企業、交通運輸部重點聯繫道路運輸企業，連續多年被評為中國道路運輸百強誠信企業、中國物流百強企業。
中集世聯達長江物流有限公司：成立於2016年，是中國國際海運貨櫃(集團)股份有限公司(A+H股)物流板塊在長江經濟帶的核心企業。公司依託豐富的貨櫃場站、鐵路專用線資源及與國內多個路局、知名國際班輪公司、國際NVOCC的緊密合作關係，開展國際海運物流、長江內支線航運、海鐵聯運、國際班列、公鐵聯運、鐵水聯運等業務，在江蘇、上海、安徽、江西等省區設有30+個分支機構與業務網點，是國家5a級物流企業。
中國外運長江有限公司：成立於2011年，是長江流域集長江支線承運、貨代、船代、倉儲、租船、速遞服務、汽車運輸、供應鏈物流為一體的綜合性物流服務供應商。公司擁有倍受推崇的「中國外運」、「中國船代」、「蔚藍通道」、「陽光速航」、「陽光速遞」等服務品牌，是江蘇省「服務名牌企業」、江蘇省和南京市「重點物流企業」，並於2009年通過了5A級綜合物流企業的評定。
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