南京港口主要包括以下幾個港區：
龍潭港區：以集裝箱、大宗散貨江海中轉爲主。
西壩港區：以石油化工品、煤炭江海中轉爲主。
新生圩港區：重要的港區之一。
儀徵港區：也是南京港的重要組成部分。
七壩港區：位於南京市西北部，長江北岸，是長江下游著名煤炭轉運口岸。
銅井港區：位於南京市銅井地區。
板橋港區：位於南京市板橋地區。
梅子洲港區：位於南京市梅子洲地區。
浦口港區：位於南京市浦口地區，與下關隔江相望，是長江下游著名煤炭轉運口岸。
上元門港區：位於南京市上元門地區。
下關港區：位於南京市下關地區。
大廠港區：位於南京市大廠地區。
棲霞港區：位於南京市棲霞地區。
馬渡港區：位於南京市馬渡地區。
南京港是亞洲最大內河港口之一，主樞紐港和對外開放一類口岸，是我國沿海主要的港口，也是長江流域水陸聯運和江海中轉的樞紐港。