南姓氏的起源有多種說法，主要源於以下幾個方面：
周代南仲之後：南姓出自周代南仲之後，以祖名為氏。據《姓源韻譜》記載，商王盤庚的妃子姜氏夢見龍入懷，孕十二月而生一子，手握「南」字，長大後主管荊州，號為「南赤龍」。其曾孫南仲在周初擔任大夫，後世子孫遂以祖名為姓，稱南氏。
姬姓衛靈公之後：南姓還出自姬姓，以祖字為氏。春秋時期衛靈公之子公子郢，字子南，其後代以祖字為姓，稱南氏。
晉國隱士之後：春秋時期晉國隱士的後代，以地名為氏。有晉國高士居隱於南鄉（今山西），其後代子孫以地名為姓，稱南氏。
夏禹後代：南姓還源自夏禹的後代，以國名為氏。商中期古南國因二臣爭權而亡，古南國分裂為二，一在今河南南陽，一在今湖北荊州。夏禹之後的姒姓南氏歷史大約有2800年。
明朝張皇後後代：南姓還源於明朝嘉靖帝的張皇後，其一族因罪被分為東、西、南、北四姓，其中一支改為南姓。
清朝滿族改姓：滿族南姓源自那拉氏，在清朝中葉以後，多冠漢姓為南氏。今藏、滿、回、蒙古、朝鮮、僳僳等民族均有改漢姓南氏者。
綜上所述，南姓氏的起源較為複雜，涉及多個歷史時期和不同的族群。