南沙區最好的高中是廣州外國語濱海實驗學校。該校位於南沙城市會客廳，以其優美的環境和優越的地段而聞名。學校擁有先進的辦學理念和豐富的特色課程，能夠滿足學生多元化個性化的發展需求。廣州外國語濱海實驗學校周邊的樓盤包括疊翠峰、萬科府前等。
此外，南沙區還有其他幾所優質高中，包括南沙灣區實驗學校、廣州外國語附屬學校、廣大附中南沙實驗學校、廣州執信南沙學校和廣州市二中天元南沙學校。這些學校各有特色，如南沙灣區實驗學校以其示範性地位和國際化特色著稱，廣大附中南沙實驗學校則以外語辦學特色聞名。廣州市二中天元南沙學校則以其國家級示範性高中的基建規模和功能而知名。
華南師範大學附屬南沙中學也位於南沙區，是該區另一所優質高中，以博雅教育和國際交流為特色，每年中考成績在廣州市中名列前茅。