保存南瓜種子的方法包括以下幾個步驟：
選擇優良品種：首先，要選擇生長健壯、抗病性強、產量高、品質優良的南瓜品種，以確保種子的質量和純度。
觀察植株表現：在留種期間，仔細觀察植株的生長狀況，選擇無病蟲害、生長健壯的植株作爲留種對象，並檢查種子的飽滿度和顏色，選擇飽滿、顏色正常的種子。
適時採收：當南瓜成熟後，選擇晴朗的天氣進行採收，避免雨水淋溼導致種子發黴。採收後，要及時晾曬去除多餘的水分，保證種子的乾燥和純度。
種子保存：晾曬乾燥後的種子可以放在通風乾燥的地方保存。保存時要避免潮溼和高溫，以免種子發黴和變質。同時，要定期檢查種子的狀況，如有異常要及時處理。
具體保存方法：將南瓜種子在容器中密封，避免接觸空氣，然後放置在陰涼乾燥通風的地方，這樣可以保存3-4個月。另外一種方法是，將清洗並甩幹水分的南瓜種子平鋪在紙巾上，在陰涼處晾曬一天後，就可以收起來存罐保存。
注意事項：在留種期間要注意防治病蟲害，採收時要避免損傷種子，保存時要避免潮溼和高溫，並在種植前對種子進行消毒處理。