原子灰的使用方法主要包括以下步驟：
清理基層。需要確保表面乾淨、無油污、鏽蝕、舊漆膜和水份。如果表面未乾透或未經打磨，會影響原子灰的附著力和最終效果。
配製原子灰。將主灰和固化劑按一定比例（通常是100:1.5到3，重量比）混合均勻。混合後的原子灰應在凝膠時間內使用完畢。
塗刮原子灰。使用刮刀將調好的原子灰塗刮在準備好的基層上。塗刮時應避免產生氣泡，若有氣泡需及時刮平。
打磨。塗刮後的原子灰需要適當時間乾燥，然後進行打磨。一般刮灰後0.5到1小時為最佳濕磨時間，2到3小時為最佳乾磨時間。
噴塗後續塗料。打磨並清除表面灰塵後，即可進行中塗漆、面漆、罩光清漆等的噴塗。
此外，在使用原子灰時，還需注意環境因素（如溫度和濕度）對其乾燥和固化時間的影響。如果條件允許，可以使用紫外燈輔助加熱以縮短乾燥時間，但需注意避免局部過熱。對於要求較高的場合，在原子灰打磨後，可能還需要刮塗細刮原子灰（如紅灰、填眼灰）以填平細小缺陷。