合金裝備5幻痛的遊戲故事承接合金裝備崛起：突圍，繼續講述主角靜靜的故事。
在幻痛中，玩家將會看到一個不同的靜靜，因為反派的勢力遍布全球，玩家將看到靜靜四處逃亡，居無定所的生活，並且因為身上帶著罪孽，時時刻刻都處在警方的追捕之下。同時，其他角色的生死命運也將會在遊戲中得到交代，甚至可以通過潛入或者暗殺來改變他們的人生。
此外，遊戲中的裝備系統也是非常出色的，玩家可以利用各種載具和地形來躲避敵人的追捕，可以利用裝備來改變外貌和聲音，甚至可以使用一些特殊的裝備來獲取敵人的信任，以此來混入敵人的基地或者高層會議等等地方進行刺殺。