清洗吸管杯的方法有多種，可以使用家用工具進行清洗，也可以使用專門的清洗工具進行更徹底的清潔。以下是幾種有效的清洗方法：
使用家用工具清洗。將紙巾團成一小團，塞入吸管內部，然後用筷子將其推入吸管內部，通過摩擦來清潔吸管內壁。之後將紙巾拉出，吸管就會變得乾淨。在杯子中放入適量的牙膏，然後用牙刷刷洗杯身內部和吸管。之後用流動水沖洗乾淨。
使用專門的清洗工具進行清洗。首先將吸管杯的各個部件拆開，放入盆中。然後用熱水浸泡，並加入奶瓶清洗劑。使用吸管刷、重力球刷、大杯刷、小杯刷等工具分別清潔吸管、杯身、螺旋口等部位。之後用流動水沖洗掉所有泡沫，並進行消毒烘乾 或晾乾。
在清潔過程中，還可以使用小蘇打和食用鹽進行輔助清潔，這有助於去除殘留物和異味。此外，需要注意的是，不必每次使用後都進行消毒，但每天應進行1至2次消毒；若寶寶喝完奶後無法及時清洗，可以先用熱水快速沖洗以去除殘留奶液；每3至6個月應更換一次吸管配件，並注意配件的耐熱性。