呼吸作用的方程式分為有氧呼吸和無氧呼吸兩種情況，具體如下：
有氧呼吸。其包括三個階段，第一階段是葡萄糖在細胞質基質中轉化為丙酮酸，並釋放少量能量，具體反應為\(C6H12O6\)(葡萄糖）酶→2丙酮酸+4[H]+能量（2ATP）。第二階段是丙酮酸線上粒體基質中進一步氧化，產生二氧化碳和水，以及更多能量，具體反應為\(2\)丙酮酸+6H2O酶→6C02+20[H]+能量（2ATP）。第三階段是線上粒體內膜上，通過電子傳遞鏈，氧氣接受電子生成水，釋放大量能量，具體反應為\(24[H]+6O2\)酶→12H2O+能量（34ATP）。總反應式為\(C6H12O6+6H2O+6O2\)(酶)→6C02+12H2O+大量能量（38ATP）釋放。
無氧呼吸。其分為兩種情況，一種是無氧條件下產生乳酸，具體反應為\(C6H12O6\)(酶)→2C3H6O3(乳酸)+少量能量釋放。另一種是某些植物和微生物在無氧條件下將葡萄糖轉化為乙醇和二氧化碳，具體反應為\(C6H12O6\)(酶)→2C2H5OH(乙醇)+2CO2+少量能量釋放。