《命運航班》的結局是複雜且充滿懸念的。在最後一集中，觀眾看到了一系列驚人的事件和逆轉。原來，所有的事件都是由飛機上失蹤的孩子引起的，這個孩子的父親為了讓他重新出現在生活中，安排了一系列假的爆炸事件，並控制了事件的結果，讓所有人以為這架飛機已經墜毀。這個行為揭示了一個扭曲而喪失方向的父親形象，同時也強調了個人動機的深重邪惡。
此外，劇中也出現了關於信仰和希望的小插曲，當倖存者嘗試著辨識事實和幻覺之間的差異時，他們自然地會去尋找信仰和希望。這反映了在面對極度不確定的時局時，信仰和希望往往是我們的精神之柱。
結局中，諾亞方舟的殘留部分被送回了地表裂縫處，飛機尾翼也被送回指定位置。尾翼放回大海指定位置時，地震平息了。然而，小米和哥哥仍然能夠感受到異樣，因為868航班救生艇上的有些乘客視哥哥為「諾亞」，非常仇視他，認為歷史在重演，依舊沒有消除誤解。因此，乘客反對者們對萬斯的娃（代表國安局）、對哥哥的家人展開了不好的行動。另一邊，實驗室里的大眼睛固執醫生在準備回家時，飛機殘骸發出動靜，原來是機長坐在駕駛室里大喊「HELP ME」，人和飛機瞬間消失。最後，卡爾的媽媽倒在血泊中，但似乎還沒有死亡。
綜上所述，雖然結局令人不解，但也讓人們在思考這部劇集所要表達的深層次意義的同時，反思自身的人性及其內在的欺騙和信任等議題。