咯菌腈具有一定的毒性，長期或高劑量接觸可能會對人體造成嚴重危害。
咯菌腈對神經系統、肝臟、腎臟、呼吸系統、消化系統和免疫系統等多個方面有害。長期接觸可能會導致神經功能紊亂、頭痛、頭暈、暈厥、失眠、嗜睡等症狀，並對肝臟造成損傷，如肝細胞變性和壞死，還可能引起呼吸紊亂、氣促甚至窒息。此外，咯菌腈還可能對生殖系統造成損害，如男性精子數量減少、變形率提高，女性月經不調甚至不孕。
咯菌腈還可能增加癌症的風險，特別是肝癌和肺癌。因此，在使用咯菌腈時，應採取嚴格的安全措施，如佩戴個人防護裝備，確保工作場所通風良好，並遵循相關的安全操作規程。