哈拉帕文明消失的原因至今仍是一個未解之謎，學者們提出了多種可能性，包括自然災害、氣候變化、河流改道、大口壓力、農業崩潰等。其中，一些研究表明，乾旱可能是導致哈拉帕文明衰落的一個重要因素。
科學家們在印度新德里東北部約290英里的一處洞穴中發現了一些石筍，通過對它們進行一系列的環境測試，他們重建了4200年前的歷史降雨模式和氣候變化。他們發現，在4200至3900年前，印度河流域出現了三次長達25年至90年之間的大幹旱，導致夏季和冬季的降雨量都大幅下降。這對於以農業為主要經濟來源的哈拉帕文明來說，無疑是致命的打擊。
此外，社會內部矛盾、外族入侵等因素也可能與哈拉帕文明的衰落有關。然而，這些原因至今仍無定論，需要更多的考古發現和研究來進一步證實。