商船系成立於2003年，隸屬於集美大學，專注於培養航運及供應鏈管理領域的套用型人才。該系目前設有四個本科專業和兩個專升本專業，具體如下：
本科專業：交通運輸、物流管理、供應鏈管理、航海技術（陸上方向）
專升本專業：交通運輸、物流管理
其中，交通運輸專業和物流管理專業已被列為學院重點建設的一流專業，而供應鏈管理專業則是新文科專業。商船系致力於推進套用型學科建設，先後投入1500多萬元用於省級船舶交通虛擬仿真實驗中心和省級精品課程的建設，以持續改善教學條件。
商船系現有學生1052人，已培養6200多名畢業生。這些畢業生在航運企業、物流企業、海事局和引航站等領域擔任重要職務，為促進國際貿易和社會經濟發展做出了積極貢獻。商船系擁有一支充滿活力的教學和管理團隊，現有教職工22人，其中專任教師13人，這些教師均具有碩士學位。商船系重視師資隊伍的培養，鼓勵教師開展科學研究，提升自身素質，並以質量體系監控教學過程，加強日常教學管理。
此外，商船系還關注學生實踐能力和創新意識的培養，通過聘任客座教授、企業高管開設講座，與中遠海運、京東物流等多家大型企業建立校企合作，重視校外實習實訓基地建設，鼓勵並指導學生參加學科競賽，發揮學生專業社團的作用，以拓展學生素質。商船系始終秉承「誠毅」校訓，樹立服務意識，重視教師隊伍培養，鼓勵教師開展科學研究，提升教師自身素質，致力於創建「一流專業」、「一流學科」、「一流誠毅」。