土壤真菌在土壤中扮演 著多 種重要角色， 包括：
分解有 機 質。土壤真菌能 夠分解有 機 質，如作物的 殘根 敗 葉和施入的有 機肥料， 釋放出 營 養元素供作物利用， 並形成腐殖 質，改善土壤 結 構和耕性。
分解 礦物 質。土壤真菌的代 謝 產物能促 進土壤中 難溶性物 質的溶解，例如磷 細菌能分解出磷 礦石中的磷， 鉀 細菌能分解出 鉀 礦石中的 鉀，以提高土壤肥力。
固氮作用。某些土壤真菌能 夠 將空 氣中的氮 氣 轉化 為植物能 夠利用的固定 態氮化物， 從而增加土壤的氮含量。
促 進植物生 長。土壤真菌 還可以 調 節植物生 長，例如根瘤菌、菌根和真菌等能 為植物直接提供氮素、磷素和其他 礦 質元素的 營 養，以及有 機酸、 胺基酸、 維生素、生 長素等，促 進植物的生 長。
形成土壤 結 構。通 過代 謝活 動的氧 氣和二氧化碳的交 換，以及分泌的有 機酸等，土壤真菌有 助於土壤粒子形成大的 團粒 結 構， 從而改善土壤 結 構。
增 強土壤肥力。土壤真菌 還能分泌多 種酶，增 強作物 對一些病害的抵抗力，提高土壤肥力。
綜上所述，土壤真菌在土壤有 機 質的分解、 養分循 環、植物生 長促 進和土壤 結 構改善等方面 發 揮 著 關 鍵作用。