基因敲除是一種遺傳工程基因修飾技術，主要原理如下：
基因敲除（knockout）技術利用同源重組原理，通過引入設計好的同源DNA片段與受體細胞或胚胎幹細胞的基因組中特定序列發生重組，從而改變或破壞目標基因的功能。
在此過程中，目標基因可以被無功能的DNA片段替代，或者通過插入突變等技術導致基因失活，進而研究特定基因缺失對生物體表型的影響，以推測該基因的生物學功能。
隨著技術的進步，除了傳統的同源重組方法外，還發展出了其他基因編輯技術，如RNA干擾(RNAi)、CRISPR/Cas9等，這些技術為基因敲除提供了更多元化和精確的操作手段。