堆肥法的原理主要涉及微生物在特定條件下對有機物的生物降解過程。這個過程可以分為兩個主要方面：
好氧性發酵：在這種條件下，通過翻堆和強制通風，好氧微生物（如細菌、真菌等）分解有機質，使其穩定化。這一過程中，有機物被轉化為二氧化碳、水和腐殖質土等產物。好氧發酵通常需要控制適宜的水分、碳氮比（C/N）和通風條件，以確保微生物能夠有效地分解有機物。
厭氧性發酵：在這種條件下，有機物在缺乏氧氣的情況下被微生物分解，主要產生甲烷、二氧化碳、水以及腐殖質土等。厭氧發酵通常用於產生生物氣體（如沼氣），但也可以用於堆肥過程，尤其是在一些特定的工業堆肥系統中。
堆肥過程中的微生物代謝分解作用，不僅使有機物降解，還能產生有益的腐殖質土壤物質，這種物質可以用作肥料並改良土壤。此外，堆肥過程在高溫階段可以無害化處理有機廢棄物，並產生有機肥料。高溫還有助於殺死病原體和減少重金屬的毒害作用。隨著研究的深入和方法的改進，堆肥作為一種古老而簡便的處理有機廢棄物和製造肥料的方法，受到了各個國家的重視。
總結來說，堆肥法的原理是利用微生物在有氧或無氧條件下對有機物的生物降解，通過控制適宜的條件，如溫度、水分、碳氮比和通風，將有機廢棄物轉化為穩定的腐殖質物質，用作肥料或生物氣體生產。