增值稅留抵的會計處理通常涉及以下步驟：
當企業購買商品或接受服務時，需要支付增值稅，這部分稅額稱為進項稅額。會計分錄為：借方登記庫存商品、固定資產等（實際支付的金額）和進項稅額（支付的增值稅）；貸方登記銀行存款、應付賬款等（總金額）。
當企業銷售商品或提供服務時，需要收取增值稅，這部分稅額稱為銷項稅額。會計分錄為：借方登記應收賬款、銀行存款等（總金額）；貸方登記主營業務收入等（實際收入的金額）和銷項稅額（收取的增值稅）。
企業需要根據銷項稅額和進項稅額的差額計算應交的增值稅。如果銷項稅額大於進項稅額，差額就是應交的增值稅，會計分錄為：借方登記銷項稅額；貸方登記應交增值稅。如果進項稅額大於銷項稅額，差額就是可以留抵的增值稅，會計分錄為：借方登記銷項稅額和應交增值稅；貸方登記進項稅額和未交增值稅。
如果稅務機關準予留抵退稅，企業在收到留抵退稅款項時，會計分錄為：借方登記銀行存款；貸方登記應交稅費——增值稅留抵稅額。
若已退還的留抵退稅款項需繳回並繼續抵扣進項稅額，會計分錄為：借方登記應交稅費——應交增值稅（進項稅額）；貸方登記銀行存款和應交稅費——增值稅留抵稅額。