大悲咒的治病方法主要有兩種，一種是直接用咒治病，另一種是用持咒加持的大悲水來治病。首先，持誦人必須要有大悲心，一心持誦大悲咒，方有效果。可以直接用咒治病，也可以用持咒加持的大悲水來治病。但是，前提是飲用之病人必須要信，也就是要能棄惡揚善，要能知過改過。
此外，大悲咒也可以治療心理疾病，對於身體上的疾病，建議還是去醫院看醫生。如果想要通過持誦大悲咒來治病，可以出聲念，堅持誦大悲咒可以除一切病。但是，這需要平時修大悲法，誦持大悲咒，到用的時候才靈驗，才有力量。
另外，還有一些特殊的方法，例如若患傳屍鬼氣，伏屍連病者，可以取拙具羅香，咒三七遍，燒薰鼻孔中。又取七丸如兔糞，咒三七遍吞，即差。