天然水晶中的瑕疵通常被視為其獨特性的標誌，而不是缺陷。這些瑕疵包括：
冰裂。水晶在生長過程中因地層擠壓而形成的痕跡，這些並非人為造成的裂痕。
棉絮或雲霧。水晶內部自然形成的棉絮狀物質或霧狀外觀，類似於雲或霧。
礦坑。水晶中原本包含的其他礦體，因外界力量作用導致礦體脫落而形成的空位。
除了這些常見的瑕疵外，還有隱裂紋、髮根、色帶、黑點等其他自然現象，這些都是水晶在地下億萬年形成過程中與地球環境相互作用的結果。每塊天然水晶的裂痕、棉絮等特徵都是獨一無二的，這些特徵展現了水晶的天然美感和與地球歷史的緊密聯繫。