《奇皇后》的結局是，奇承娘（河智苑 飾）最終成爲了後宮之主，但是元朝也走向了末日。她鍾愛的皇帝妥懽（池昌旭 飾）爲了守護她做出了最大的努力，最後帶着她的愛意離開了人世。奇承娘雖然如願以償地登上了大元王朝的後位，成爲了太子的生母，但是她失去了摯愛妥懽、曾經的愛人王幽（朱鎮模 飾）、甚至政治夥伴脫脫（陳益漢 飾）。她爲了守護心愛的人們拼盡一生，犧牲了幸福，其實從她放棄與憧憬平凡幸福生活的王幽，選擇復仇之路的瞬間開始，幸福就離她原來越遠。
然而，元朝丞相沒有答應，奇皇后嫉恨之下將他害死。沒過多久，因爲她挑起了元朝內部激烈的爭鬥，沒有及時鎮壓各地的起義軍，結果導致元朝走向了末日。最終朱元璋率領明軍攻破了大都，元朝就此結束了在中原的統治。雖然奇皇后與元惠宗逃回了草原，但是她過了一年就病逝。