好氧微生物主要包括以下幾類：
專性好氧菌。這類微生物必須在較高濃度的分子氧條件下才能生長，包括絕大多數真菌和多數細菌、放線菌。
兼性厭氧菌。這類微生物主要在有氧條件下生長，但也可以在無氧條件下生長，常見於酵母菌等。
微好氧菌。這類微生物只能在較低氧分壓條件下生長，例如霍亂弧菌。
耐氧菌。這類微生物可以在有氧條件下生長，但不需要分子氧，常見的有乳酸菌屬。
厭氧菌。這類微生物在無氧條件下生長，其生命活動所需能量通過發酵和無氧呼吸等方式提供，常見的有雙歧桿菌屬等。
以上分類涵蓋了大部分好氧微生物，它們在自然界中分佈廣泛，對人類生活有重要影響。