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如何使用ncbi

使用NCBI(National Center for Biotechnology Information)進行基因序列查詢、提交數據和下載序列的操作步驟如下:

訪問NCBI主頁。開始於NCBI的官方網站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。

搜索基因序列。在NCBI主頁的搜索欄中選擇“Gene”,輸入基因名稱,例如“P53”,然後點擊搜索。在搜索結果中,可以查看基因的基本信息、mRNA序列和蛋白質序列等。

使用Probe數據庫查找引物序列。選擇下拉菜單中的“Probe”,輸入基因名稱,點擊搜索,可以找到相關的引物序列。

上傳數據到NCBI。首先,創建一箇NCBI賬戶;其次,爲提交的數據申請BioProject和BioSample號;最後,登錄賬戶,進入數據提交界面,選擇相應的數據庫進行數據提交。

批量下載基因序列。登錄NCBI主頁,選擇“nucleotide”,輸入基因的Accession number,用空格隔開,可以批量下載基因序列。

使用NCBI的Map View查找基因在染色體上的位置。選擇“Map View”,設置物種和過濾條件,查詢基因序列。

查詢已知引物。通過“probe”數據庫搜索已知引物。

同源性比對(BLAST)。選擇不同的比對方式(如DNA、RNA、Protein等),進行序列同源性比對。

以上步驟涵蓋了NCBI的基本使用方法,包括基因序列查詢、數據提交和序列下載等。