研墨的過程主要包括以下幾個步驟：
在硯台上加水。可以使用水滴和水盂，但一次不要加太多水。對於一般大小的墨塊，一次加三到五滴水即可。推薦使用純淨水或礦泉水，如果使用自來水，需要注意水中可能含有的氯氣和漂白粉。
放置墨塊並開始研磨。古人有「重按輕推」的方法，即往下按壓的力量要大於推動或旋轉的力量。研磨的軌跡應儘量畫大圈。剛開始時，由於墨的磨口還未泡軟，所以用力要輕，旋轉速度也不要太快，之後可以逐漸加力。
判斷研磨完成的情況。墨塊研磨至略微粘稠，即在硯台上划過時能有明顯的路徑，此時墨汁即研磨完成。如果需要更多墨汁，可以再將墨塊研磨一會兒，或把硯台里的墨汁集中到硯池中以便使用。
善後工作。如果墨塊上殘留的水分不多，直接將其架起晾乾即可。若殘留水分較多，可用毛筆輕輕舔掉磨口上的多餘墨汁，然後用紙巾吸乾墨四周的水分或墨汁。注意不要使用衛生紙擦拭磨口，以免纖維殘留在磨口上。
此外，對於初學者來說，可以開始時順時針研磨，用力要輕並慢慢加力。使用食指壓住墨條有助於控制研磨的深度和方向。每次使用墨條後應該擦乾淨，以保持墨條的整潔和延長使用壽命。