媽祖下雨的故事有兩種說法：
* 相傳媽祖只要站在山頂上就可以控制天氣，她有一次看到一個老人和船在海上遇難，於是她就哭泣著落淚，天空也隨之陰雨連綿 。老人和船獲救後，媽祖又笑了，天空也隨之晴朗。因此，人們認為媽祖可以呼風喚雨，每年都會去祭拜她以求降雨保佑。
* 在另一種說法中，媽祖為了救自己的姐妹從懸崖上跳入海中，為了追隨媽媽而去，從海上漂到了福州。她死後會下小雨，但無論是村民還是漁民還是商人，都會向媽祖求雨** 。傳說中媽祖去世後就會下小雨，實際上是因為媽祖的廟在新建的時候是在海上建成的，剛建好還不能稱之為廟，去祭拜的人在途中可能還會遇到下雨。因此以後大家祭拜完回來下不下雨都行。