媽祖神話故事有很多，以下是其中幾個：
1. 香爐峰傳說：一天，湄洲女子“三娘”乘船經赤嶼嶼尾時，突然狂風大作，船將覆沒，危難之中，“三娘”忽覺背後有人將她輕輕一推，瞬間風停浪靜，她便平安到達對岸。定睛一看，見是一位美麗的少女站在面前。“三娘”問其姓名和來自何處，“少女”答叫“默娘”，並說自己是海神派來拯救遇難者的。為答謝“默娘”的救命之恩，“三娘”要她登岸，把赤嶼嶼尾獻給她。默娘因長期修煉成仙，不能登岸，便在赤嶼對海的地方變成一塊大礁石，永遠為往來船隻作航標，人們稱之為“三娘石”。
2. 升天成神：媽祖在一次救人中與海龍王發生爭執，一怒之下化為神龍升天，卻不小心把天上的玉帝驚動了。玉帝見到媽祖的靈光和功德，於是賜媽祖為天妃、天后。
這些故事反映了人們對於勇氣、善良和保護的崇拜之情。媽祖則被奉為海神，深受漁民們的信仰和尊重。